rpcardioRational Pharmacotherapy in CardiologyРациональная Фармакотерапия в Кардиологии1819-64462225-3653«SILICEA-POLIGRAF» LLC10.20996/1819-6446-2014-10-5-509-512rpcardio-210Research ArticleNOTES FROM PRACTICEКЛИНИЧЕСКИЙ ОПЫТDIFFERENTIAL DIAGNOSIS OF HEREDITARY SYNDROME OF HYPOCHOLESTEROLEMIA BY USING EXOMIC SEQUENCINGДИФФЕРЕНЦИАЛЬНАЯ ДИАГНОСТИКА НАСЛЕДСТВЕННОГО СИНДРОМА ГИПОХОЛЕСТЕРИНЕМИИ С ПРИМЕНЕНИЕМ ЭКЗОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯЕршоваА. И.YershovaA. I.

к.м.н., с.н.с. лаборатории молекулярной генетики

101990, Москва, Петроверигский пер., 10

Petroverigsky per. 10, Moscow, 101990 Russia

ЩербаковаН. В.ShcherbakovaN. V.

лаборант-исследователь той же лаборатории

101990, Москва, Петроверигский пер., 10

Petroverigsky per. 10, Moscow, 101990 Russia

СувороваА. А.SuvorovaA. A.

м.н.с. той же лаборатории

101990, Москва, Петроверигский пер., 10

Petroverigsky per. 10, Moscow, 101990 Russia

ХлебусЭ. Ю.HlebusE. Y.

лаборант той же лаборатории

101990, Москва, Петроверигский пер., 10

Petroverigsky per. 10, Moscow, 101990 Russia

СидонецИ. В.SidonetsI. V.

аспирант той же лаборатории

101990, Москва, Петроверигский пер., 10

Petroverigsky per. 10, Moscow, 101990 Russia

МешковА. Н.MeshkovA. N.

к.м.н., руководитель той же лаборатории

101990, Москва, Петроверигский пер., 10

Petroverigsky per. 10, Moscow, 101990 Russia

meshkov@lipidclinic.ruБойцовС. А.BoytsovS. A.

д.м.н., профессор, директор, руководитель отдела клинической кардиологии и молекулярной генетики

101990, Москва, Петроверигский пер., 10

Petroverigsky per. 10, Moscow, 101990 Russia

Государственный научно-исследовательский центр профилактической медициныРоссияState Research Centre for Preventive MedicineRussian Federation201424092015105509512Copyright © Yershova A.I., Shcherbakova N.V., Suvorova A.A., Hlebus E.Y., Sidonets I.V., Meshkov A.N., Boytsov S.A., 20152015Ершова А.И., Щербакова Н.В., Суворова А.А., Хлебус Э.Ю., Сидонец И.В., Мешков А.Н., Бойцов С.А.Yershova A.I., Shcherbakova N.V., Suvorova A.A., Hlebus E.Y., Sidonets I.V., Meshkov A.N., Boytsov S.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.rpcardio.online/jour/article/view/210

Clinical case study is described. Patient D, 55 years old, applied to the Lipid clinic of State Research Centre for Preventive Medicine because of low blood cholesterol level. Results of the differential diagnosis of the hypocholesterolemia syndrome by using exomic sequencing are presented. This method allows to sequence the majority of regions of genome containing exons, protein-coding parts of genes. Heterozygous mutation in the gene for APOB (5 nucleotides deletion) was found out in the patient by using exomic sequencing. This mutation leads to a premature stop codon with violation of apolipoprotein B-100 synthesis and causes inherited monogenic disease - family hypobetalipoproteinemia.

Описан клинический случай пациента Д 55 лет, который обратился в Липидную клинику ГНИЦ ПМ в связи с низким уровнем холестерина крови. Представлены ре-зультаты дифференциальной диагностики синдрома гипохолестеринемии с применением метода экзомного секвенирования, позволяющего секвенировать большинство областей генома, содержащих экзоны – участки генов, кодирующие белки. При помощи экзомного секвенирования у пациента выявлена гетерозиготная мутация в гене АРОВ – делеция 5 нуклеотидов. Данная мутация приводит к преждевременному стоп-кодону с нарушением синтеза аполипопротеина В-100 и вызывает наследственное моногенное заболевание – семейную гипобеталипопротеинемию.

генетическая диагностикасемейная гипобеталипопротеинемияэкзомное секвенированиемутацияgenetic diagnosisfamily hypobetalipoproteinemiaexomic sequencingmutationReferencesBurnett J.R., Hooper A.J. Common and Rare Gene Variants Affecting Plasma LDL Cholesterol. Clin Biochem Rev 2008; 29:11-26.Burnett J.R., Hooper A.J. Common and Rare Gene Variants Affecting Plasma LDL Cholesterol. Clin Biochem Rev 2008; 29:11-26.Burnett J.R. Hooper A.J. Update on Primary Hypobetalipoproteinemia. Curr Atheroscler Rep 2014; 16(423):1-7.Burnett J.R. Hooper A.J. Update on Primary Hypobetalipoproteinemia. Curr Atheroscler Rep 2014; 16(423):1-7.Green RC, Berg JS, Grody WW, et al. ACMG recommendations for reporting of incidental findings in clinical exome and genome sequencing. Genet Med 2013; 15(7):565-74.Green RC, Berg JS, Grody WW, et al. ACMG recommendations for reporting of incidental findings in clinical exome and genome sequencing. Genet Med 2013; 15(7):565-74.Fu W, O'Connor TD, Jun G et al. Analysis of 6,515 exomes reveals the recent origin of most human protein-coding variants. Nature 2013; 493(7431):216-20.Fu W, O'Connor TD, Jun G et al. Analysis of 6,515 exomes reveals the recent origin of most human protein-coding variants. Nature 2013; 493(7431):216-20.Meshkov AN, Boytsov SA, Ershov AI et al. The study ATEROGEN-IVANOVO "Study of the development and progression of atherosclerosis of various localization, including taking into account the genetic and epigenetic factors of cardiovascular risk - substudy ESSE-IVANOVO" - design, algorithms of bioinformatics analysis and results of exomic sequencing in pilot group of patients. Profilakticheskaya Meditsina 2013; 6; 11-20. Russian (Мешков А.Н., Бойцов С.А., Ершова А.И. и др. Исследование АТЕРОГЕН-ИВАНОВО «Изучение особенностей развития и прогрессирования АТЕРОсклероза различной ло-кализации, в том числе с учетом ГЕНетических и эпигенетических факторов сердечно-сосуди-стого риска – субисследование ЭССЕ-ИВАНОВО» – дизайн, алгоритмы биоинформационного анализа и результаты секвенирования экзомов пациентов пилотной группы. Профилактическая Медицина 2013; 6; 11-20).Meshkov AN, Boytsov SA, Ershov AI et al. The study ATEROGEN-IVANOVO "Study of the development and progression of atherosclerosis of various localization, including taking into account the genetic and epigenetic factors of cardiovascular risk - substudy ESSE-IVANOVO" - design, algorithms of bioinformatics analysis and results of exomic sequencing in pilot group of patients. Profilakticheskaya Meditsina 2013; 6; 11-20. Russian (Мешков А.Н., Бойцов С.А., Ершова А.И. и др. Исследование АТЕРОГЕН-ИВАНОВО «Изучение особенностей развития и прогрессирования АТЕРОсклероза различной ло-кализации, в том числе с учетом ГЕНетических и эпигенетических факторов сердечно-сосуди-стого риска – субисследование ЭССЕ-ИВАНОВО» – дизайн, алгоритмы биоинформационного анализа и результаты секвенирования экзомов пациентов пилотной группы. Профилактическая Медицина 2013; 6; 11-20).Wang K, Li M, Hakonarson H. ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data. Nucleic Acids Res 2010; 38(16):e164.Wang K, Li M, Hakonarson H. ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data. Nucleic Acids Res 2010; 38(16):e164.dbSNP Short Genetic Variations. Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/. Accessed by 20.10.2014.dbSNP Short Genetic Variations. Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/. Accessed by 20.10.2014.Pruitt K, Brown G, Tatusova T, et al. Chapter 18. The Reference Sequence (RefSeq) Database. 2002 Oct 9 [Updated 2012 Apr 6]. In: McEntyre J, Ostell J, editors. The NCBI Handbook [Internet]. Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US); 2002. Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21091. Accessed by 20.10.2014.Pruitt K, Brown G, Tatusova T, et al. Chapter 18. The Reference Sequence (RefSeq) Database. 2002 Oct 9 [Updated 2012 Apr 6]. In: McEntyre J, Ostell J, editors. The NCBI Handbook [Internet]. Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US); 2002. Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21091. Accessed by 20.10.2014.Liu X, Jian X, Boerwinkle E. dbNSFP: a lightweight database of human nonsynonymous SNPs and their functional predictions. Hum Mutat 2011;32(8):894-9.Liu X, Jian X, Boerwinkle E. dbNSFP: a lightweight database of human nonsynonymous SNPs and their functional predictions. Hum Mutat 2011;32(8):894-9.ClinVar. Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/. Accessed by 20.10.2014.ClinVar. Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/. Accessed by 20.10.2014.The Phase 3 Variant set with additional allele frequencies, functional annotation and other datasets.Available at: http://www.1000genomes.org/. Accessed by 20.10.2014.The Phase 3 Variant set with additional allele frequencies, functional annotation and other datasets.Available at: http://www.1000genomes.org/. Accessed by 20.10.2014.NHLBI GO Exome Sequencing Project (ESP). Available at: https://esp.gs.washington.edu/drupal/.Accessed by 20.10.2014.NHLBI GO Exome Sequencing Project (ESP). Available at: https://esp.gs.washington.edu/drupal/.Accessed by 20.10.2014.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.