ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНАЯ ДИАГНОСТИКА НАСЛЕДСТВЕННОГО СИНДРОМА ГИПОХОЛЕСТЕРИНЕМИИ С ПРИМЕНЕНИЕМ ЭКЗОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ

Описан клинический случай пациента Д 55 лет, который обратился в Липидную клинику ГНИЦ ПМ в связи с низким уровнем холестерина крови. Представлены ре-зультаты дифференциальной диагностики синдрома гипохолестеринемии с применением метода экзомного секвенирования, позволяющего секвенировать большинство областей генома, содержащих экзоны – участки генов, кодирующие белки. При помощи экзомного секвенирования у пациента выявлена гетерозиготная мутация в гене АРОВ – делеция 5 нуклеотидов. Данная мутация приводит к преждевременному стоп-кодону с нарушением синтеза аполипопротеина В-100 и вызывает наследственное моногенное заболевание – семейную гипобеталипопротеинемию.

1. Burnett J.R., Hooper A.J. Common and Rare Gene Variants Affecting Plasma LDL Cholesterol. Clin Biochem Rev 2008; 29:11-26.

2. Burnett J.R. Hooper A.J. Update on Primary Hypobetalipoproteinemia. Curr Atheroscler Rep 2014; 16(423):1-7.

3. Green RC, Berg JS, Grody WW, et al. ACMG recommendations for reporting of incidental findings in clinical exome and genome sequencing. Genet Med 2013; 15(7):565-74.

4. Fu W, O'Connor TD, Jun G et al. Analysis of 6,515 exomes reveals the recent origin of most human protein-coding variants. Nature 2013; 493(7431):216-20.

5. Meshkov AN, Boytsov SA, Ershov AI et al. The study ATEROGEN-IVANOVO "Study of the development and progression of atherosclerosis of various localization, including taking into account the genetic and epigenetic factors of cardiovascular risk - substudy ESSE-IVANOVO" - design, algorithms of bioinformatics analysis and results of exomic sequencing in pilot group of patients. Profilakticheskaya Meditsina 2013; 6; 11-20. Russian (Мешков А.Н., Бойцов С.А., Ершова А.И. и др. Исследование АТЕРОГЕН-ИВАНОВО «Изучение особенностей развития и прогрессирования АТЕРОсклероза различной ло-кализации, в том числе с учетом ГЕНетических и эпигенетических факторов сердечно-сосуди-стого риска – субисследование ЭССЕ-ИВАНОВО» – дизайн, алгоритмы биоинформационного анализа и результаты секвенирования экзомов пациентов пилотной группы. Профилактическая Медицина 2013; 6; 11-20).

6. Wang K, Li M, Hakonarson H. ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data. Nucleic Acids Res 2010; 38(16):e164.

7. dbSNP Short Genetic Variations. Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/. Accessed by 20.10.2014.

8. Pruitt K, Brown G, Tatusova T, et al. Chapter 18. The Reference Sequence (RefSeq) Database. 2002 Oct 9 [Updated 2012 Apr 6]. In: McEntyre J, Ostell J, editors. The NCBI Handbook [Internet]. Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US); 2002. Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21091. Accessed by 20.10.2014.

9. Liu X, Jian X, Boerwinkle E. dbNSFP: a lightweight database of human nonsynonymous SNPs and their functional predictions. Hum Mutat 2011;32(8):894-9.

10. ClinVar. Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/. Accessed by 20.10.2014.

11. The Phase 3 Variant set with additional allele frequencies, functional annotation and other datasets.Available at: http://www.1000genomes.org/. Accessed by 20.10.2014.

12. NHLBI GO Exome Sequencing Project (ESP). Available at: https://esp.gs.washington.edu/drupal/.Accessed by 20.10.2014.